作品以少年游侠胡斐的经历为线索，讲述了一段精彩的武林故事。辽东大侠胡一刀死后，以子胡斐按家传拳谱与刀谱习得上乘武功，在山东武定商家堡，遇胡一刀所杀八卦刀商剑鸣之妻，遂与商老太及商剑鸣之师兄弟王剑英、王剑杰交手，大逞雄威。此时巧遇红花会三当家千手如来赵半山，并承其助，胡斐的成功亦得赵欣赏。不意，赵、胡等人均遭商老太暗算，被困于她家铁厅之中，商老太以火烧厅，欲烤死赵、胡等人。胡斐冒险自狗洞爬出，大战商老太等人，终于解救出铁厅中人，并与赵半山结义。胡斐到广东佛山镇，遇当地恶霸、五虎派掌门人凤天南欲霸占钟阿四处菜田，诬其子偷吃凤天南家鹅，逼钟妻于祖庙北帝前将其子剖腹以证明清白，钟妻为此疯癫。胡斐怒而大闹佛山镇，逼出凤氏父子，亦在祖庙北帝前欲杀其父子为钟家报仇，却遭袁紫衣阻拦，又中调虎离山之计，遂使凤氏父子又杀钟阿四全家后逃走。胡斐在追赶凤天南的路上，又遇武艺高强的少女袁紫衣。袁骑赵半山的白马，又知胡斐底细，与其若即若离，又常骚扰，又似含情，胡斐已情系紫衣。一风雨之夜，胡斐与袁紫衣夜宿于一古庙，巧遇凤天南一行。胡斐欲杀之，紫衣力劝，不从，又被紫衣干扰，致凤贼逃脱。是夜又有人欲谋害苗人凤，胡斐敬佩苗人凤故竭力保护为苗送信之人，无奈此人己受田归衣骗，将信交苗人凤时，信中剧毒瞎了苗大侠双眼。此毒只毒手药王能解，胡斐遂下洞庭寻毒手药王，即得已故毒手药王之高足程灵素之助。程灵素对胡斐一见钟情，遂携药北上为苗大侠医眼，回到苗家正逢田归农带众强人偷袭苗大侠，胡斐勇退田归农等人，程灵素即为苗大侠治眼。饭后，苗人凤让胡斐看了家中所供胡一刀夫妇牌位，承认胡一刀系己所伤。胡斐带程灵素沉痛而去。二人继续追赶凤天南，路上竟连遇陌生人的迎接，称有朋友送胡斐大宅院。二人只得化妆而行。于一客店忽逢当年商家堡所遇飞马镖局马行空镖头之女马春花夫妇护镖，恰遭众多豪强围劫。胡斐因当年被商老太吊打时曾承马春花求情，欲报当年之恩而与古怪的豪强盗党交手。后得知，马姑娘当年与福康安公子有私情，现在的孪生二子即当时所为。福公子现已成大帅，权重当朝却膝下无子。古怪的豪强盗党即受福大帅之遣而来接马姑娘与一双儿子，并打死马姑娘的丈夫。胡斐见马春花仍念福公子旧情，遂与程灵素撒手赶路。二人来到京城，巧遇助马春花时所识福大帅手下侍卫，他们钦佩胡斐武功，故在聚英楼请二人吃饭，席间聚赌，胡斐竟赢下宣武门内一座豪华宅院，顿觉蹊跷。在新宅宴请侍卫们时，才知此为凤天南之贿，当即与之交手。此时袁紫衣及时出现掩护，使其逃脱。紫衣终透内情，言凤乃其父，当年将其母强奸生有紫衣，后又逼其母致死，故紫衣为报父女之情当救其三次，今后定当杀之。当夜马春花自帅府派人请胡斐相见，向胡斐致谢，不巧遇福康安。福康安生疑，设计捕杀胡斐，幸脱。在府中闻老夫人害马春花之计，相救时马春花己将毒汤喝下。胡斐冒死救出马春花，令程灵素救治。为救治，三人避至西岳华山派推选掌门之处。救治马春花需找一保持十二时辰安静不动之所，胡斐上台争得掌门人之位，遂找到了安静之所。由于马春华急于见到二子，情绪不稳，即有生命之危，胡斐又冒死进府抢出二子。福康安为拢络江湖武人并使其互相残杀不致危及朝廷，举办天下掌门人大会，胡斐以西岳华山派掌门人身份，带程灵素化妆前往。袁紫衣亦来京城，一路上抢来九个半掌门人之位，以九个半派总掌门身份来到大会，与胡、程二人巧妙配合，大闹天下掌门人大会，揭露福康安与朝廷的阴谋，打碎了钦赐玉杯，并趁乱打死了凤天南。之后，胡斐巧遇红花会众英雄来京，见到了赵半山打败大内十八侍卫。团聚后却与程灵素遭歹人暗算，胡斐为救程灵素而中剧毒，程灵素为救胡斐而丧生。胡斐十分悲痛，来到沧州父母的坟前，将程姑娘的骨灰埋在这里。在此见到了前来找她的袁紫衣，打退了围杀他的田归农。袁紫衣原叫圆性，自小已入佛门，虽然深爱胡斐却不能留下，她双手合什轻念偈语，怅然而去。本书由金庸根据旧版本进行修订，正名为新修版（或世纪新修版），于1999年结集出版。本书与旧版的区别：1、飞狐的结局多了些修饰，快结束时，胡斐在父母坟墓前，碰到南兰那一幕，变成了袁紫衣把南兰劫持给胡婓；2、主角胡斐初恋对象，更是变成了马春花。在书中的第三章中，补写一段马行空教徒弟、女儿练通臂拳，而后练习疲倦的马春花睡在草地上，让胡斐偷看到了她高耸的胸部、还有露出的肚兜、裸露的肚子、小腿、手臂……继而引起胡斐对少女美丽胴体的遐想，还想亲亲这么美貌的姐姐；3、雨夜湘妃庙，袁紫衣为救凤天南而与胡斐大打出手，让胡斐一招抱住袁紫衣，却因袁紫衣一声：放开我！而松手；4、天下掌门人大会上，凤天南被汤沛揭发暗射银针。…